基因组关联研究准确地标志更致命的Covid-19变体

DNA技术概念

将突变与死亡率进行比较,以识别应监测和包含的变体。

哈佛大学陈曾熙公共卫生学院和麻省理工学院的研究人员表示,使用全基因组关联研究(GWAS)方法分析SARS-CoV-2突变的全基因组测序数据和COVID-19死亡率数据,可以识别应该标记为遏制的高致病性病毒变异。

使用这种生物统计学方法,研究人员在称为P.1或γ或更高的透射性,较高的感染率,并且在第1变量之前的致病程度上有关称为p.1或γ或γ或γ的变异突变。确定。

该团队的方法在于在2021年6月23日在杂志上在线描述遗传流行病学。

“根据我们的经验,GWAS方法可能提供合适的工具,可以用来分析病毒基因组特定位置的突变和疾病结果之间的潜在联系,”哈佛大学陈学院生物统计学教授、该论文的资深作者克里斯托弗·兰格说。“这可以更好地实时检测流行病中新的有害变异/新的病毒株。”

巴西的第一个患者与P.1变种在1月2021年1月记录,在几周内,该变种导致巴西曼纳斯的病例引起了尖峰。这座城市于2020年5月已经受到大流行病的困难,研究人员认为这座城市的居民已经取得了人口豁免,因为该地区的许多人在该初始波期间为病毒开发了抗体。相反,在病毒中具有多个突变的P.1用于附着于并侵入宿主细胞,导致第二波感染且似乎具有更高的传播性,并且比看到的早期变体更容易导致死亡在该地区的。

2020年9月,在第一个P.1患者被记录在案的几个月前,哈佛大学陈医学系和麻省理工学院的研究小组对GWAS中使用的方法进行了重新用途,以梳理各种SARS-CoV-2突变的相对致病性。GWAS广泛用于将某些遗传变异与特定疾病联系起来。该团队在7548名COVID-19患者中寻找了SARS-CoV-2病毒单链RNA的每个突变与死亡率之间的联系。这项研究的数据来自共享禽流感数据全球倡议(GISAID)数据库,其中包含与SARS-CoV-2和流感病毒有关的基因序列以及相关临床和流行病学数据。

研究人员发现了一种突变 - 在病毒基因组中的遗迹25,088bp - 改变了穗蛋白,与covid-19患者的死亡率显着增加了联系。该团队将该突变标记为突变,后来被确定为p.1的一部分。

根据研究人员的说法,团队的稳定性统计方法应该具有超越P.1变体和SARS-COV-2的更广泛的应用。

“我们希望这种方法在涉及其他疾病的类似情况下也能奏效,前提是公共数据库中收集的数据质量足够高,”哈佛大学陈学院(Harvard Chan School)生物统计学研究助理和讲师、论文第一作者之一格奥尔格·哈恩(Georg Hahn)说。

转发:“SARS-COV-2基因组的Covid-19死亡率风险的基因组关联分析鉴定了SARS-COV-2穗蛋白的突变,该蛋白质与巴西菌株的P.1分解为Georg Hahn,Chloe M.吴,桑春李,沙龙M. Lutz,Surender Khurana,Lindsey R. Baden,Sebastien Haneuse,Dandi Qiao,Julian Hecker,Dawn L. Demeo,Rudolph E. Tanzi,Manish C. Choudhary,Behzad Etemad,Abbas Mohammadi,Elmira Esmeilzadeh,Michael H. Cho,Jonathan Z. Li,Adrienne G. Randolph,Nan M. Laird,Scott T. Weiss,Edwin K. Silverman,Katharina Ribbeck和Christoph Lange,6月22日2021年6月22日,遗传流行病学
DOI: 10.1002 / gepi.22421

其他人来自哈佛陈学校,为该研究做出了贡献,包括Sanghun Lee,Sharon Lutz,Sebastien Haneuse和南莱尔德。

本研究由美国国立卫生研究院(1R01AI154470-01, 2U01HG008685, R01HG008976, U01HL089856, U01HL089897, P01HL120839, P01HL132825, 2U01HG008685),国家科学基金(NSF PHY 2033046和NSF GRFP 1745302)和NIH中心资助项目P30-ES002109。

Georg Hahn, Chloe M. Wu, Sanghun Lee, Julian Hecker, Sharon M. Lutz, Surender Khurana, Lindsey R. Baden, Sebastien Haneuse, Dandi Qiao, Dawn L. DeMeo,Rudolph E. Tanzi, Manish C. Choudhary, Behzad Etemad, Abbas Mohammadi, Elmira esmailzadeh, Michael H. Cho, Jonathan Z. Li, Adrienne G. Randolph, Nan M. Laird, Scott T. Weiss, Edwin K. Silverman, Katharina Ribbeck, Christoph Lange,遗传流行病学,在线6月23日,2021年。

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