彩色扫描电子显微镜下，从患者样本中分离出一个严重感染SARS-COV-2病毒颗粒(绿色)的凋亡细胞(粉红色)。这张照片摄于马里兰州迪特里克堡的NIAID综合研究设施(IRF)。资料来源:国家过敏和传染病研究所
在实验室实验中，pralatrexate的抗SARS-CoV-2效果优于瑞德西韦。
结合实验室实验，一种新的计算药物筛选策略表明，最初开发用于治疗淋巴瘤的化疗药物pralatrexate可能被重新用于治疗Covid-19。中国深圳先进技术研究院的张海平及其同事在《开放获取》杂志上发表了这些发现PLOS计算生物学yabo124。
随着Covid-19大流行在全世界造成疾病和死亡，迫切需要更好的治疗。一个捷径可能是重新利用现有的药物，这些药物最初是用来治疗其他疾病的。计算方法可以通过模拟不同药物相互作用的方式来帮助识别这些药物SARS-CoV-2是导致Covid-19的病毒。
为了帮助现有药物的虚拟筛选，Zhang和同事们结合了多种计算技术，从不同的、互补的角度模拟药物-病毒相互作用。他们使用这种混合方法筛选了1906种现有药物，通过靶向一种名为“非典- cov -2”的病毒蛋白，来抑制其复制的潜在能力核糖核酸-依赖RNA聚合酶(RdRP)。
新的筛选方法确定了四种有希望的药物，然后在实验室实验中对它们进行抗SARS-CoV-2的测试。其中两种药物，pralatrexate和阿奇霉素，成功地抑制了病毒的复制。进一步的实验室实验表明，pralatrexate比目前用于治疗一些Covid-19患者的药物瑞德西韦更强地抑制病毒复制。
这些发现表明，pralatrexate可能被重新用于治疗Covid-19。然而，这种化疗药物可能会引起显著的副作用，并且用于晚期淋巴瘤患者，因此不能保证立即使用Covid-19患者。尽管如此，研究结果仍然支持使用新的筛选策略来识别可以重新使用的药物。
“我们已经证明了我们的新型混合方法的价值，它将深度学习技术与更传统的分子动力学模拟相结合，”Zhang说。他和他的同事正在开发额外的计算方法，以生成新的分子结构，这些结构可以开发成治疗Covid-19的新药。
参考文献:Zhang H, Yang Y, Li J, Wang M, Saravanan KM, Wei J, et al, et al.， 2020年12月31日PLOS计算生物学yabo124。
DOI: 10.1371 / journal.pcbi.1008489
基金资助:国家重点研发计划项目(2018YFB0204403 (Y.W.)、2019YFA0906100 (X.W.));中国科学院战略性先导项目XDB38000000 (yw);国家科技重大专项(2018ZX10101004);国家自然科学基金(2018ZX10101004);U1813203(陈怡如);国家自然青年科学基金资助项目(批准号:)31601028: Y.P.);深圳市基础研究基金资助项目(no.)作者简介:JCYJ20190807170801656 (J.L.)， JCYJ20180507182818013 (Y.W.)， JCYJ20170413093358429 (Y.W.)，以及中国科学院优秀青年创新计划(J.L.)。资助者在研究设计、数据收集和分析、决定发表或手稿准备方面没有任何作用。
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