Zoonomia项目:最大的哺乳动物基因组织揭示了灭绝风险的物种

240哺乳动物基因组测序

由乌普萨拉大学(Uppsala University)、麻省理工学院(MIT)布罗德研究所(Broad Institute of MIT)和哈佛大学(Harvard)的科学家们领导的一个大型国际联盟已经对130种哺乳动物的基因组进行了测序,并与110个现有的基因组一起分析数据,以便科学家们确定DNA中的重要位置。这一新的信息有助于人类疾病突变的研究,以及如何最好地保护濒危物种。这项研究发表在《自然》杂志上。信贷:苏珊娜汉密尔顿

ZOONOMIA项目已发布此庞大的数据集,以推进生物医学研究和生物多样性保护。
一个名为Zoonomia Project的国际研究团队分析和比较了超过80%的哺乳动物家族的整个基因组,跨越了近1.1亿年的进化。基因组数据集,发表于今天(2020年11月11日)自然,包括了120多个以前没有测序的物种的基因组,并以前所未有的规模捕获了哺乳动物的多样性。

DataSet旨在推进人类健康研究。研究人员可以使用数据来比较人类和其他哺乳动物的基因组,这有助于识别可能参与人类疾病的基因组区域。作者还通过Zoonomia项目向科学界提供数据集网站,没有任何限制使用。

“这个项目的核心想法是开发和使用这些数据来帮助人类遗传学家找出导致疾病的突变,”布罗德大学脊椎动物基因组学科学主任、乌普萨拉大学比较基因组学教授、资深合著者Kerstin lindblado - toh说。

然而,在分析新基因组时,作者还发现,具有高灭绝率的哺乳动物具有较少的遗传多样性。调查结果表明,甚至只有单个个人的排序可以以成本有效的方式提供关键信息,其中群体可能处于更高的灭绝风险,并且应优先考虑对保护需求的深入评估。

“我们写了这篇文章来谈谈这个大型唯一的数据集,并解释为什么它有趣。一旦使数据广泛地提供并向更广泛的研究社区解释它的实用性,您可以真正改变科学方式所做的方式,“广泛研究所脊椎动物基因组学集团主任Co-Sear Autory Elinor Karlsson表示麻省理工学院和马萨诸塞大学医学院的哈佛教授。
动物分类的数据已经帮助了a最近的研究评估感染的风险SARS-CoV-2在许多物种。研究人员发现47种哺乳动物极有可能成为SARS-CoV-2病毒的宿主或中间宿主。

映射的哺乳动物

Zoonomia项目,以前被称为200哺乳动物项目,建立在之前的项目,The29个哺乳动物项目从2006年开始测序哺乳动物基因组。最新项目通过探索人类不能从冬眠松鼠到异常长寿的蝙蝠来表现物种的基因组来延长工作。该项目还包括濒危物种的基因组。

在这项新研究中,研究人员与全球28个不同的机构合作,收集样本用于基因组分析,圣地亚哥全球动物园(San Diego Global Zoo)的冷冻动物园提供了近一半的样本。该团队将重点放在具有医学、生物学和生物多样性保护兴趣的物种上,并将具有代表性基因组的哺乳动物科的比例从49个增加到82个。

该项目还开发并正在共享工具,使研究人员能够查看哺乳动物基因组序列中的每个“字母”或碱基,并将其与人类基因组中相同位置的序列进行比较,包括可能涉及疾病的区域。这可以帮助研究人员识别那些在进化过程中保持不变并发挥作用的基因位点和那些随机突变的基因位点。如果一个位点在数百万年的哺乳动物中一直保持稳定,那么它可能有一个重要的功能,因此该位点的任何变化都可能与疾病有关。

在公布这些数据时,作者呼吁科学界支持实地研究人员收集样本,增加对计算资源的访问,以便分析海量基因组数据集,并迅速和公开地共享基因组数据。

“Zoonomia项目中最令人兴奋的事情之一是,科学中的人员都可以对我们的内部和境外都能访问许多核心问题,”脊椎动物基因组学组的研究科学家首次作者Diane Genereux说。“通过设计所有的科学项目,我们可以确保公共,人类和环境健康的益处。”

11月11日11月11日,Zoonomia联盟:“对比较基因组多功能池进行科学发现与保护”,自然
DOI: 10.1038 / s41586 - 020 - 2876 - 6

该项目部分由NHGRI,瑞典研究委员会,Knut和Alice Wallenberg基金会,Broadnext10等资助。

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