虚色传输电子图 多细菌附在细菌细胞墙上信用:wikimedia公共
新的遗传方法可加速研究phage-Microbe交互作用对健康、农业和气候的影响
科学家们不断寻找新的改良方法处理细菌问题,无论是消除致病菌株或修改潜在有益的菌株。尽管人类为这些任务发明了许多智能药和遗传工程工具,但这些方法与phages — — 病毒感染细菌 — — 精调攻击相比可能显得笨拙。
象其他寄生虫一样,幻影正在持续演化方法以瞄准并开发其具体的宿主菌株,而细菌则在持续演化方法以躲避phages永生争斗产生出千差万别分子库 研究者渴望学习,但这样做可能乏味劳动密集
由伯克利实验室科学家率领的团队 刚开发出高效廉价新方法上报yabo124SPLOS生物学团队显示三种技术组合可揭示哪些细菌受体phages利用来感染细胞,以及细菌用什么细胞机制应对phage感染
yabo124微信寄主互动基础机制只对几对已知, 宿主是一个研究周全的模型机体, 可以在实验室中培养, 并称伯克利实验室环境基因组学和系统生物系研究科学家Vivek Mutalikphages代表着地球上最丰富的生物实体, 并由于这些生物对细菌的影响,获取更多关于这些交互作用基础知识势在必行,以便更好地了解地球的微生物并开发新药,如细菌基疫苗或phage鸡尾酒处理抗生素感染
点亮暗物
团队三头并进方法称为条码功能损耗库,使用既有技术创建基因删除并增加基因表达法识别细菌用来逃避phages的基因信息还告诉接收者 phages瞄准 无需分析phages基因组科学家计划改编技术供未来病毒使用,更多地了解它们的功能
穆塔利克和他的同事测试方法已知受14种基因多样性字典攻击的大肠测试结果确认方法顺利运作,即快速发现数组同一组phage受试器,这些受试器过去经数十年研究确认,并提供了前期研究遗漏的新点击量。
文字艺术编译信用:Antara Mutalik
Mutalik表示,该方法还可以扩展并同时评价数以百计从多元环境采样的细菌的phage关系这将使科学家更容易研究地球生物“达克物 ”, 指不可开化并因此不易理解的微生物 在许多环境里繁多估计99%活微生物 无法在实验室培养
团队方法还提供契机实现phage研究所用基因资源标准化,而phage研究一直是一个随机和高度多变过程,并创建可辨别试剂和数据集
字典的作用是巨大的 未知的, 因为我们知道有 phages遍地,比方说,我们理解不到10%的基因编码 先前排序phage基因组,Mutalik表示终于有了精简工具看文字, 有许多令人兴奋的问题我们可以开始回答 并有机会改变世界
引用:高通量绘图E.西里岛by Vivekk.穆塔利克本杰明adler 哈米特S里希、德尼什比亚、水晶钟、布里特科斯切拉、伊丽莎白M库特 理查历法诺维奇科夫Price, AdamM.Deutschbauer和AdamArkin,2020年10月13日yabo124SPLOS生物学.
DOI: 10.1371/journal.pbio.3000877
这项工作由Mutalik和EGSB科学家Adam Arkin和Adam Deutschbauer在Berkeley实验室协同UCBerkery和Evergreen州立学院的研究人员主持。yabo124研究得到了创新基因组学学院微博学项目和ENIGMA的资助,ENIGMA是一个科学焦点领域项目,由Berkele实验室牵头并得到DOE科学局支持
位居优先评论自然隐形病毒